A partir de este germen, el monasterio se mantuvo, a pesar de ser destruido repetidas veces, hasta su definitiva consolidación en el siglo XI. En el monasterio facundino profesó, a la fuerza, como monje, el que luego sería rey Alfonso VI. Ese fue el acuerdo al que llegó con su hermano Sancho tras ser derrotado por él en los enfrentamientos pos la corona, aunque luego huyó hacia los reinos musulmanes. Cuando Sancho fue muerto por los hombres de Doña Urraca en el sitio de Zamora, Alfonso regresó para ser rey.
Agradecido por el trato y refugio que había recibido en Sahagún, el 25 de noviembre de 1085, el rey Alfonso VI concedió un ventajoso fuero al monasterio y a toda la villa, con grandes exenciones de impuestos para todos los que quisieran poblarla. Esto supuso un importante espaldarazo al desarrollo de toda la zona, y el florecimiento del monasterio, que llegó a ser conocido como el Cluny español. Este florecimiento, que convirtió a sahagún en uno de los más importantes centros culturales y comerciales de la España de la época, se prolongó hasta el siglo XIII.
En los años posteriores, la importancia d ela villa y el monasterio siguieron aumentando, extendiendo sus dominios desde el Cantábrico hasta Segovia. En el año 1347, el papa Clemnente VI concedió a Sahagún el permiso para contar con su propia Universidad, de la que salieron catedráticos para las Universidades de Salamanca y Alcalá de Henares. La Universidad de Sahagún funcionó hasta el año 1567, fecha en que la orden benedictina la trasladó a Irache, en Navarra. Por aquella época, la villa contaba con unos doce mil habitantes, aproximadamente cinco veces más que en la actualidad.
Aunquie ya había perdido importancia en los siglos anteriores, el peor golpe para Sahagún llegó con la desamortización de Mendizábal, que lejos de repartir las tierras con mayor justicia, aniquiló el centro cultural, empeoró las condiciones de vida de los campesinos, acentuó las desigualdades e introdujo todos los problemas del cortoplacismo, un mal concreto que no aquejaba a la administración eclesiástica.
Actualmente la villa de Sahagún cuenta con unos dos mil seiscientos habitantes, y sigue muy ligada a las tareas agrícolas y ganaderas. El municipio está incluido en la denominación de origen vinícola de Tierras de León, y sus quesos, de altísima calidad, son muy apreciados en el resto de España.
Precisamente por la afluencia de peregrinos del Camino de Santiago, el sector servicios es a día de hoy el motor económico de la villa, que destaca por su gastronomía y su espectacular monumentalidad.