El templo consta de una sola nave y su crucero, así como de cinco altares, el central según narra las tradicionales leyendas se halla sobre la alcoba en la que vino al mundo el Santo.

Esta iglesia barroca, de estilo neoclásico colonial, construida sobre la casa del santo, es hoy magnífica iglesia y santuario, donde se venera con gran devoción al Santo Patrón de la Villa.

En esta Iglesia, y sobre el altar mayor, se encuentran, dentro de una arqueta de plata, las reliquias de los santos Facundo y Primitivo, fundadores de la villa, y la cabeza de San Mancio.